โครงการทุนการศึกษาของมูลนิธิเอเอฟเอส ประเทศไทยได้เริ่มขึ้นในปี พ.ศ. 2505 ภายใต้การควบคุมดูแลของกระทรวงศึกษาธิการและกระทรวงการต่างประเทศ โดยได้รับการสนับสนุนจากสำนักข่าวสารอเมริกัน หรือ USIS (the U.S. Information Service) เริ่มแรกเป็นการให้ทุนแก่เยาวชนไทยไปศึกษาในสหรัฐอเมริกาเป็นเวลา 1 ปีต่อมาประเทศไทยได้เปิดรับอุปถัมภ์นักเรียนจากประเทศสหรัฐอเมริกา เพื่อแลกเปลี่ยนประสบการณ์ในเชิงวัฒนธรรมซึ่งกันและกัน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2513 ได้มีมติให้เอเอฟเอสประเทศไทยเปลี่ยนเป็น "องค์การนานาชาติ" (AFS International Organization) ให้มีการแลกเปลี่ยนระหว่างประเทศอื่น ๆ ด้วย อาทิ โครงการแลกเปลี่ยนกับออสเตรเลีย นิวซีแลนด์ แคนาดา ละติน-อเมริกา ยุโรป และอีกหลายประเทศ ที่ไม่ใช้ภาษาอังกฤษเป็นภาษาประจำชาติ จากนั้นเปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น "AFS International Intercultural Programs"